La actitud de la SEMARNAT en este megaproyecto es vergonzosa, por decir lo menos, pues se aprobó la Manifestación de Impacto Ambiental (MIA) posteriormente a la iniciación de la obra, lo cual va en contra de la normatividad ambiental. De tal manera que la organización Center For Biological Diversity cuestionó dicha Manifestación de Impacto Ambiental ya que se omitieron algunos subfactores que de haberse señalado en el documento oficial serían causantes de la imposibilidad y el rechazo de la obra mencionada.

Entre estos subfactores se mencionan los siguientes:
Formaciones kársticas: en el tramo 5 no se realizó de manera científica la comprobación de las zonas karst y existe una interacción negativa, pues debe considerarse que los sistemas kársticos son de gran importancia al ser los responsables de una considerable parte de las recargas de las aguas subterráneas de la zona maya, además de que permite servicios ambientales muy importantes, tales como reservorios de carbono, biodiversidad superficial, producción agrícola y agua de consumo.
Erosión: Se señala que la interacción de la entrada y salida de maquinaria y, asimismo, la implementación de caminos de acceso provoca que se erosione el suelo y esto no se considera en la MIA. También se cuestiona que la obra provisional produce una interacción negativa con lo que es la ocupación del suelo, la cual tampoco se considera. Y, finalmente, otro subfactor es el contraste con el entorno, pues las actividades de despalme generan una interacción negativa en la calidad escénica y en contraste con el entorno al ser considerado un cambio permanente.

Estos cuatro subfactores no se consideraron en la Manifestación de Impacto Ambiental y por ello no se vio afectado el megaproyecto sexenal. Esta actitud demuestra la ilegalidad (no se respetó la normatividad ambiental), la corrupción (pues se omiten dictámenes que pudiesen poner en riesgo la viabilidad de la obra), la desfachatez y el desdén por las cuestiones ambientales en esta administración.
Asimismo, la organización Greenpeace ha venido señalando la actitud antiambientalista que el actual gobierno federal ha mostrado durante el proceso de construcción del Tren Maya, pues se talaron más de 10 millones de árboles, se producen daños, como consecuencias de la construcción, a los sistemas de agua dulce del país, se afecta la Selva Maya, existen riesgos de posibles colapsos del suelo kárstico, hay grandes riesgos de que se contamine el agua limpia de Quintana Roo por el diésel, también hay la posibilidad de derrumbes de los sistemas de cuevas.

El recorrido del Tren Maya genera una amenaza potencial a la salud de la población de jaguares debido a la edificación, amén de que se ha ido fragmentando la selva como lo es la Reserva de la Biosfera de Calakmul en Campeche. (Fuente Expansión, Tren Maya: el recuento de los daños medioambientales, 14 febrero 2024)
Un tema aparte fue el decreto emitido por el presidente de la república por el cual estableció que las obras de gran importancia como el Tren Maya, al igual que el Corredor Interoceánico del Istmo de Tehuantepec, así como también los aeropuertos de Palenque, Chiapas y de Chetumal y de Tulum en Quintana Roo, fueran consideradas como “estratégicas y prioritarias” y, por lo tanto, son de “interés público y de seguridad nacional” (DOF 18-05-23). Cabe agregar que, bajo este decreto de seguridad nacional, estos megaproyectos tienen el blindaje para que se construyan inclusive sin permisos, u obtener dichos permisos en menos de 30 días.

Esto es una clara muestra del desprecio que evidencia el Ejecutivo Federal por las leyes y, vulnerando el orden jurídico mexicano, hace uso de la seguridad nacional para violentar los derechos ambientales de la sociedad, pues al blindar la construcción del Tren Maya al socaire de la seguridad nacional se están contraviniendo las leyes ambientales existentes que sirven para la protección y la preservación del medio ambiente, además de contraponerse a las medidas cautelares que el Poder Judicial Federal dictó en diversos juicios de amparo (más de 50 juicios de amparo se presentaron durante la construcción del Tren Maya), lo cual constituye una violación flagrante al vulnerarse el acceso a la justicia ambiental y evitar, así, que las personas puedan hacer uso de los mecanismos existentes para defender su derecho a un medio ambiente limpio y sano. Debemos hacer hincapié que dichos juicios de amparo fueron “esquivados” haciendo modificaciones y cambios en la ruta original y, asimismo, fueron revocados por el decreto de la seguridad nacional.

Es claro, en este tenor, que el gobierno federal no cumplió con la sostenibilidad ambiental con este megaproyecto, pues al ser la región del sureste mexicano una zona de gran riqueza biológica y de ingente importancia para la conservación y la preservación de la Selva Maya, del acuífero y de la biodiversidad, deben cumplirse con toda la normatividad ambiental existente para, primero, garantizar que no se trastocan de ninguna guisa los ecosistemas naturales y segundo, se respeta, se protege y se conserva el medio ambiente. Sin embargo, esto no se cumplió.
Si un megaproyecto de esta envergadura cumple con la normatividad ambiental, respetando el marco constitucional de los derechos humanos, de la legislación nacional, de los estándares internacionales, no se hace necesario la participación de las fuerzas públicas ni de las fuerzas armadas durante el proceso de construcción de dicha obra de infraestructura. Amén de que debe existir en todo momento el acceso a la justicia para que las personas tengan la posibilidad de recurrir a las instituciones administrativas y jurisdiccionales sin correr peligro de represalias ni de agresiones. Esto realmente no se dio durante la construcción del Tren Maya.